Las Subdirecciones y Departamentos que conforman la Dirección de Administración, han mantenido un ritmo ascendente de trabajo desde su inicio en 1965. Los nuevos retos impulsan su crecimiento en funciones, actividades e innovaciones para absorber el incremento de trabajo e implementar los cambios tecnológicos. La Dirección General del Instituto Nacional de Nutrición Salvador Zubirán involucra la participación de la administración en todos los elementos y niveles de la organización.
La reforma administrativa del Gobierno Federal (1970-1976) imprimió al proceso administrativo del Instituto nuevas directrices, incorporando nuevas formas de organización para el funcionamiento administrativo.
A partir de 1970, y por primera vez, se desglosa el presupuesto institucional en inversión y gasto de operación. Tres Secretarías de Estado controlan su administración, la Dirección de Inversiones de la Secretaría de la Presidencia sancionaba este gasto; la Secretaría de Hacienda y Crédito Público hacía lo mismo con el gasto global; la Secretaría del Patrimonio Nacional controlaba el patrimonio institucional, el origen y costo de las adquisiciones en general y el gasto corriente, algunos de estos aspectos, a través de auditores externos.
En 1975, se elaboraron, bajo la asesoría de las Secretarías de Hacienda y Crédito Público y Patrimonio Nacional, los presupuestos por programas. Todas estas actividades, sumadas al proceso administrativo que emana de la rutina operativa, fueron conformando la futura estructura orgánica, la cual es netamente participativa.
Estos cambios, en sus diferentes fases, crearon la necesidad de nuevas estructuras para el proceso administrativo en el que están involucrados todos los Departamentos y servicios que lo integran.
Por ello que en 1990, las autoridades del Instituto solicitaron a la Secretaría de Salud y a la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, una estructura orgánica que permitiera un mejor desempeño de sus actividades, y fue 1993 que se autorizó su reestructuración, donde se creó la subdirección General de Administración que quedaría conformada por 4 divisiones y 16 departamentos, la cual estaría encargada de establecer e instrumentar las políticas, normas, sistemas y procedimientos para la administración de los recursos humanos, financieros y materiales, así como el sistema integral de control del Instituto.
En octubre de 1999, con la Nueva Estructura Orgánica, la Subdirección General de Administración cambió su denominación a Dirección de Administración con 4 Subdirecciones y 15 Departamentos.
El 26 de mayo del 2000, se publicó en el Diario Oficial de la Federación la Ley de los Institutos Nacionales de Salud, donde se registró la nueva denominación, quedando como Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán, abrogándose la Ley de Creación del mismo publicada en el Diario Oficial de la Federación el 3 de diciembre de 1987, de acuerdo a su artículo Segundo Transitorio.
En febrero de 2004, se realizó una modificación a la estructura orgánica del Instituto conservando la Dirección de Administración.
En 2016, la Junta de Gobierno del Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán aprobó un cambio en la estructura orgánica la Subdirección de Tecnologías de la Información y la Subdirección de Recursos Materiales y Servicios Generales. En la segunda sesión de 2019 de la Junta de Gobierno, se autoriza otra reestructuración, reincorporando a la Subdirección de Tecnologías de la Información y Comunicaciones como parte de las áreas dependientes de la Dirección de Administración y queda la Subdirección de Recursos Materiales y Servicios Generales como una sola Subdirección.
Con el objetivo de coordinar e integrar la respuesta hospitalaria en México para la atención de personas beneficiarias con padecimientos de COVID-19, la Comisión Coordinadora de los Institutos Nacionales de Salud y Hospitales de Alta Especialidad (CCINSHAE), implementó el modelo de reconversión hospitalaria a Centros COVID-19, en el que participa el INCMNSZ desde febrero de 2020, fecha en la que comenzó con su reconversión, con la participación activa de todas las unidades de la Dirección de Administración como área de apoyo sustantivo para garantizar la adquisición y almacenaje de medicamentos e insumos; garantizar los servicios de vigilancia, higiene, mantenimiento de equipo e instalaciones, la elaboración de alimentos para personas beneficiarias de la atención, servidoras y servidores públicos, además de mantener operando las telecomunicaciones y el pago de las servidoras y servidores públicos del Instituto.
En la actualización 2022, del manual de organización de la Dirección de Administración, se incorporaron cambios y precisiones en las funciones de esta Dirección de acuerdo con el análisis y definiciones actuales.