El Departamento se ubica en el primer piso del edificio administrativo desde su creación. Inició en 1985 como coordinación, posteriormente, como departamento en la gestión del Ing. Gildardo García Sánchez, tuvo a su cargo el desarrollo y mantenimiento de los sistemas de todas las unidades administrativas del Instituto.
Originalmente estuvo conformado por coordinadores, técnico superior, analistas programadores, programador y secretaria, actualmente cuenta también con personal de apoyo y soporte administrativo.
En la década 1990, el departamento se encargó de los sistemas médicos y administrativos. En 1996, adquirió el primer sistema de expediente electrónico denominado Sistema del Paciente Ambulatorio (SIPAM), y algunos módulos administrativos (1998-2003), los cuales se han complementado con desarrollos propios de la primera versión del sistema administrativo integral institucional o sistema de planificación de recursos de gobierno (GRP), por sus siglas en inglés.
En 2010, se adquirió el expediente clínico electrónico llamado INNSZNet, el cual remplazó al SIPAM. Sin embargo, al no ser totalmente funcional fue sustituido por el Expediente Clínico Electrónico ehCOS versión 2, el cual se puso en marcha en 2015, y se actualizó en 2018 como Solución Tecnológica Integral (SoTeci), a fin de contar con un expediente clínico electrónico adaptado a las necesidades del Instituto.
Desde el 2016, se iniciaron los trabajos para desarrollar un GRP completo que fuera propiedad del Instituto, lo cual se logró a finales de 2020, con la incorporación de los módulos de cajas para cobro de servicios ambulatorios, caja para cobros diversos, caja para cobros a personas beneficiarias hospitalizadas, servicios subrogados ambulatorios y hospitalizados, facturación, planeación, cuentas corrientes, recetas de medicamentos, sub-almacenes pagarés y descuentos de nómina, así como el tipo del documento gratuidad.
Además de los dos sistemas integrales que operan en el Instituto, se cuenta con sistemas, módulos o pantallas de apoyo a la operación de diversas áreas. Como complemento a tales sistemas integrales, se tienen módulos, micrositios o pantallas en diversas unidades administrativas.
Durante la pandemia por COVID-19 se desarrolló y puso en funcionamiento el sistema de teleconsulta (consulta médica a distancia), para atender a pacientes sin la necesidad de que tuvieran que asistir al Instituto. Asimismo, se modificó el SoTeci, pues algunos procesos se vieron afectados por las medidas de distanciamiento social y prevención de infecciones.
En 2021, se implementó en el GRPNet el sub-módulo de receta gratuita dentro de los sistemas de la de farmacia (registro, modificación impresión y envío a sistema AAMATES), a fin de cumplir con la disposición de otorgar medicamentos a ciudadanos que no cuentan con seguridad social. Además, se otorgó el acceso para el personal médico con el mismo usuario de SoTeci y se les capacitó en el uso del mencionado módulo.
Por último, se desarrolló una nueva versión del sistema para registro de protocolos de investigación SERPI. Asimismo, se creó una nueva versión del sistema de clave única confidencial para que sea posible utilizar la primera versión de SoTeci móvil, el cual fue presentada a la dirección general en octubre. También se puso en marcha el módulo Sistema Unificado de Gestión (SUG) para la gestión de quejas, sugerencias y felicitaciones al Instituto, el cual fue presentado en la primera sesión de 2022 de COCASEP.