En la década de los 50's, surge como apoyo en la administración del entonces denominado Hospital de Enfermedades de la Nutrición, el departamento de Contabilidad, siendo este el primer intento para ordenar y clasificar en forma metódica, las finanzas del hospital.
Contabilidad controlaba los recursos financieros y su aplicación, planeaba, organizaba, dirigía y supervisaba todas las operaciones inherentes a las finanzas, el control presupuestal y la custodia de valores, de acuerdo a esta estructura, reportaba directamente a la Superintendencia, así como, la caja general, la sección de Control presupuestal, la sección de Cuentas Corrientes y la sección de Activo Fijo.
En la década de los 60's, la demanda de los servicios fue cada vez mayor, se incrementaron las operaciones contables y financieras, a tal grado que, resultaba imposible el registro manual de las mismas, en 1964, se presenta como solución a este caso, el registro de las operaciones en máquinas de registro directo, actualizando y mejorando el catálogo de cuentas, utilizando también, el sistema de volantes.
En la década de los 70's, inicia el control del presupuesto gubernamental, con orientación programática, se requirió que la información contable y financiera fuera cada vez más analítica; lo que obliga al departamento de Contabilidad a reorganizar la distribución de sus actividades.
En el año de 1980, la caja general, se convierte en el departamento de Tesorería, el cual reportaba directamente a la dirección de Administración (antes Superintendencia). En el transcurso de esta década, el objetivo era que los movimientos contables y presupuestales, fueran integrados en un registro electrónico, lo que generó grandes cambios en casi todos los procedimientos. De manera que, se informaba a la Dirección General y a la subdirección de Administración de forma periódica, oportuna y verídica.
En el año de 1990, las autoridades del Instituto solicitan a la Secretaria de Salud y a la Secretaria de Hacienda y Crédito Público, una estructura orgánica que permita un mejor control de los recursos financieros y optimizar sus operaciones, para el año de 1993 se autoriza esta nueva estructura al Instituto, lo que da como resultado la creación de la división de Recursos Financieros, misma que se conforme entonces con los departamentos de Contabilidad y Tesorería, continúan como sección dependientes de Contabilidad, Presupuestos, Cuentas por Pagar y Cuentas Corrientes, así pues, se incorporan al sistema electrónico y sus operaciones
Dentro de los cambios más trascendentes del departamento de Contabilidad, encontramos que en el año de 1994, la sección de Cuentas Corrientes cambia de nombre, a Cuentas por Cobrar, debido a que se realizaban gestiones de cobro y recuperación de saldos. Asimismo, logra colocar a un agente informativo en cada sector de hospitalización, urgencias y terapia intensiva, obteniendo óptimos resultados en la integración y entrega de estados de cuenta de los pacientes, pues es en este mismo año, esta sección y la sección de Cuentas por Pagar se incorporan al sistema de registro electrónico, con avances notables.
Es en el transcurso de ésta década debido a la cambiante situación económica y la escasez de recursos en áreas productivas del país, el Instituto, se ve en la necesidad de crear la sección de Costos, lo que permitiría la optimización de los recursos disponibles, años más tarde esta sección pasaría a formar parte de la dirección de Planeación.
Debido al interés del Gobierno Federal de proporcionar transparencia en la aplicación de los recursos, se publica la Ley de Transparencia y Acceso a la Información Pública, lo que obliga al departamento de Contabilidad a reconocer como parte de éste, en el año de 2003, a la sección de Archivo de Contabilidad, quien ya se encargaba del control del archivo de concentración e histórico, contable y gubernamental del Instituto.
En el transcurso de este año la sección de Cuentas por Cobrar, sufre un nuevo cambio en el nombre, ahora se llamaría, sección de Cuentas Corrientes de Pacientes Hospitalizados a la fecha, ya que el departamento de Asesoría Jurídica, absorbe en este momento la gestión de cobros.
En el año 2005, surge dentro del departamento, el área de Análisis y Registro, como apoyo en funciones específicas como, la preparación de información financiera, captación y organización de movimientos contables.
El 31 de diciembre de 2008 se modifica la Ley Federal de Presupuestos y Responsabilidad Hacendaria y se crea la Ley de Contabilidad Gubernamental, que tiene por objeto establecer los criterios generales que requiere la contabilidad gubernamental y la emisión de la información financiera, la cual instruye una serie de reformas que modifican sustantivamente el orden del departamento de Contabilidad y de la misma contabilidad.
En el 2010, la sección de Cuentas por Pagar cambia su lugar de adscripción para formar parte del departamento de Control Presupuestal.
En la actualidad el departamento de Contabilidad está formado por la sección de Cuentas Corrientes de Pacientes Hospitalizados y las áreas de Análisis y Registro y Archivo de Contabilidad.