Al iniciar funciones el INCMNSZ, el Departamento de Contabilidad era el encargado de elaborar el anteproyecto de presupuesto y registrar los recursos financieros y su aplicación, además de reportar directamente el avance del presupuesto a la Subdirección General de Administración.
En la década de los 70, debido a la transformación del presupuesto tradicional a la del presupuesto con orientación programática, hubo la necesidad de que la información contable-presupuestal y financiera del Instituto fuera cada vez más analítica, surgiendo cargas de trabajo, por lo que el Departamento de Contabilidad subdividió sus funciones, creando la Sección de Presupuestos.
Para el año de 1993, se autoriza la nueva estructura orgánica del Instituto en donde se crea el Departamento de Control Presupuestal dependiendo directamente de la Subdirección de Recursos Financieros, que será el encargado de registrar e informar las transferencias del Gobierno Federal y los recursos propios del presupuesto autorizado.
A partir de 1998, la Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP), implementa el registro de los gastos en actividades institucionales e indicadores de desempeño, dando una clasificación más específica de las erogaciones gubernamentales.
En 2006, se inició el establecimiento de interfaces con los sistemas informáticos de adquisiciones, almacenes, tesorería, cuentas por pagar y contabilidad, lo cual permitió la obtención de información en línea y la generación de reportes con mayor oportunidad.
Fue necesario en 2008, nuevamente definir las funciones del equipo de trabajo y gracias a la automatización de algunos procesos, realizar actividades con menor número de personal y reducir el tiempo de entrega de los informes con un mayor grado de confiabilidad. Lo que permitió cumplir con los requerimientos que marcaba el sistema de la SS, en el que se reportaba el ejercicio del presupuesto: SIPC.
En 2009, se logró la asignación de la suficiencia presupuestal de manera automática de todos los compromisos fincados con cargo al Presupuesto, mediante sistema se otorga un número consecutivo a cada solicitud de gasto.
Para 2010, con la entrada de las CLC’s, el registro de los recursos presupuestales se rediseñó, se incorpora al Departamento de Control Presupuestal, las funciones de la Sección de Cuentas por Pagar, que había pertenecido al Departamento de Contabilidad; la asignación de suficiencia se desagrega por programas presupuestales, partida de gasto y fuente de financiamiento, además se implementan las pólizas contables y presupuestales concentradoras, disminuyendo el consumo de papel y agilizando los registros.
En 2011, se logró la integración del registro simultáneo contable/presupuestal, y en 2012 el registro del presupuesto a nivel programa, fuente de financiamiento y partida, permitiendo mayor análisis del gasto.
Para el 2013, se puso en operación el Portal del Proveedores, lo que permitió a los proveedores subir sus CFDI en archivos XML y PDF, otorgándoles también la oportunidad de dar seguimiento a sus pagos; además los formatos de la CONAC, se incorporaron al informe mensual y se publicaron en la página institucional de Internet, dando transparencia al ejercicio del gasto y a la captación de ingresos.
Es en 2016, que la SHCP incorpora el MICP para presentar la Cuenta Pública, lo que permitió la armonización de las cifras del INCMNSZ con los de la SHCP y la SS.
Es en 2019, que se generan de manera automática los Informes Presupuestales del Sistema Administrativo. Actualmente se continúa trabajando en procesos de mejora, innovación y transformación que nos permitan adaptarnos a todos los cambios que llegan conforme avanza el tiempo y la tecnología.