Desde sus inicios el Instituto ha requerido de la captación de recursos externos para el desarrollo de proyectos de investigación, y los ingresos y gastos se registraban en el Departamento de Contabilidad, al incrementarse la captación de recursos de terceros y los proyectos de investigación, en 1979 se crea la Coordinación Administrativa de la División de Investigación (C.A.D.I.).
A partir de entonces CADI fue el área administrativa-financiera responsable de registrar los recursos de terceros destinados para el desarrollo de los proyectos de investigación del Instituto, y dar cumplimiento a las obligaciones fiscales y normativas que derivan de la operación financiera de los proyectos, por lo que se incrementó el número de servidores públicos en CADI.
En 1995, cambia de coordinación administrativa de la división de Investigación CADI a Departamento de Control de Fondos Especiales para la Investigación, dado el incremento de los proyectos de investigación financiados por patrocinadores nacionales y extranjeros.
En 2014 se implementó el portal de proveedores para verificar las facturas de los proveedores ante la Secretaría de Hacienda y Crédito Público.
En el año 2015, concluye sus funciones de titular la C.P. Martha Arredondo Urzúa, y en 2016 nombran como nueva jefa del Departamento a la Lic. Lourdes Martínez Laureles.
En mayo de 2017, la Lic. Ma. Elena Malacara Domínguez al frente del despacho del Departamento, propone un sistema de gestión para las funciones del Departamento.
En mayo de 2018, se incorpora nuevamente como titular del Departamento la Lic. Lourdes Martínez Laureles, dando continuidad al proyecto del sistema de gestión y actualización del sistema de facturación, los cuales han sido parteaguas en el desarrollo óptimo de las funciones incrementando la confiabilidad, transparencia y productividad de los procesos en beneficio de los usuarios y aporta información financiera a los investigadores para la toma de decisiones en la dirección de los proyectos.