La actual Unidad de Bioquímica del INCMNSZ, tiene su origen en el Departamento de Bioquímica, fundado en el antiguo Hospital de Enfermedades de la Nutrición, en la calle de Dr. Jiménez en la Colonia Doctores de la Ciudad de México, que abrió sus puertas el 12 de octubre de 1946. Desde su fundación, el Hospital de Enfermedades de la Nutrición fue concebido como un centro de investigación científica que pudiera contribuir al progreso de la ciencia médica mexicana. Con esta visión, en 1951, se fundó el Departamento de Bioquímica y su primer jefe de Departamento fue el Dr. José Laguna García. En este periodo se establecieron ligas con la Universidad Nacional Autónoma de México, en su Escuela de Graduados, para que la Institución fuera filial de aquélla obteniendo así el reconocimiento de los estudios clínicos y básicos hechos en el Hospital. El Dr. Guillermo Soberón Acevedo inició su formación científica bajo la dirección del Dr. Edmundo Rojas Natera, en el Departamento de Patología, poco después cursaría la residencia en medicina interna quedando bajo la tutela del Dr. Salvador Zubirán. Al término de su residencia, el Dr. Soberón se trasladó a la Universidad de Wisconsin para cursar un doctorado en química fisiológica, bajo la tutela del doctor Philip P. Cohen. A su regreso, el Dr. Zubirán designa al Dr. Guillermo Soberón como jefe del Departamento de Bioquímica, en septiembre de 1954. Gracias a las gestiones del Dr. Zubirán y con apoyo del patronato, se obtuvo un donativo de $50,000 dólares para el equipamiento y operación de un nuevo laboratorio de bioquímica, junto con recursos de la industria farmacéutica. La primera sede temporal del laboratorio de bioquímica se ubicó en la azotea del hospital. La construcción de la nueva sede del Hospital y su refundación como Hospital de la Nutrición, dio pie a la construcción de nuevas instalaciones con una jefatura, biblioteca y dos laboratorios, con áreas de apoyo como cuarto frío, cuarto de centrífugas y almacén, en lo que hoy es la planta baja del Departamento de Reumatología y dos laboratorios más en el primer piso, donde hoy se encuentra la Unidad de Bioquímica. En su nueva sede el Departamento alojó a una notable generación de bioquímicos, como la Dra. Estela Sánchez Quintanar, el Dr. Marcos Rojkind Matluk, el Dr. Jaime Mora Celis y el Dr. Alberto Huberman Wajsman. Este último fue jefe del Departamento de Bioquímica hasta 2001, cuando el Dr. Alejandro Zentella Dehesa asumió la jefatura dentro de un acuerdo de colaboración entre el Instituto de Investigaciones Biomédicas de la UNAM y el INCMNSZ. En este acuerdo, el equipo, personal y alumnos de licenciatura y posgrado del grupo del Dr. Zentella, se transfirieron al Departamento de Bioquímica del Instituto. En el 2021 el Departamento se convirtió en la Unidad de Bioquímica adscrita a la Dirección de Investigación Clínica. En la actualidad cuenta con ocho investigadores en Ciencias Médicas, ellos son: Dr. Alberto Huberman Wajsman, Dr. Alejandro Zentella Dehesa, Dra. Nadia Judith Jacobo Herrera, Dra. Irma Beatriz Mitre Aguilar, Dr. Sigifredo Pedraza Sánchez, Dra. María de Jesús Ibarra Sánchez, Dr. José Esparza López y la Dra. Sandra Lorena Romero Córdoba. La Unidad aborda problemas relacionados a la biología molecular y la epigenética del cáncer de mama, inmunodeficiencias primarias y bioquímica de proteínas.