El origen del Departamento de Investigación Experimental y Bioterio está estrechamente relacionado con el inicio y desarrollo de la investigación básica en el Hospital de Enfermedades de la Nutrición.
En 1961, en las antiguas instalaciones de la calle de Dr. Jiménez específicamente en la ampliación ubicada en la calle de Dr. Durán y con adscripción a la División de Investigación, se destinó una habitación para alojar a los animales utilizados para obtención de sangre u otras muestras biológicas para análisis de laboratorio o con fines de investigación, en la misma "casa" donde se ubicaba, la consulta de Biología de la Reproducción y Diabetes, los laboratorios de Inmunología, Fisiología Clínica y Cirugía Experimental.
En 1968, dentro del entonces "nuevas" instalaciones del Instituto se construyeron las primeras instalaciones diseñadas para animales de experimentación con una superficie aproximada de 220 metros cuadrados, sin considerársele al Bioterio como departamento hasta 1978.
En 1990 se inició la construcción de la Unidad de Investigación Básica la cual contempló la creación del departamento de Investigación Experimental y Bioterio en sus instalaciones.
Actualmente ocupa un área superior a 2,000 metros cuadrados de construcción y satisface las necesidades de los Investigadores del Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán (INCMNSZ) de animales de laboratorio con definición microbiológica y genética. Además, ofrece las condiciones propicias de espacio, equipo y auxilio técnico para el desarrollo de investigación con animales.
De 1992 a 2014 el Departamento de Investigación Experimental y Bioterio fue dirigido por el M.V.Z. Rafael Hernández González.
Desde el año 2015 y hasta la actualidad el Departamento está bajo el mando de la M.V.Z. Mariela Guadalupe Contreras Escamilla y se encuentra adscrito a la Dirección de Investigación.
A partir del año 2015 y bajo la dirección de la MVZ. Mariela Guadalupe Contreras Escamilla, el Bioterio toma una dirección y directrices diferentes, que se venían desarrollando en 20 años anteriores; ahora el Departamento de Investigación Experimental y Bioterio enfoca todos sus esfuerzos en reproducir animales de alta calidad, abastecer en el menor tiempo posible los protocolos autorizados por el Comité de Cuidado de Animales de Laboratorio (CICUAL), en tener a los animales en el mejor cuidado y manejo (Bienestar Animal) y sobre todo mantener al personal encargado de esta gran labor, capacitado y actualizado sobre los conocimientos básicos que debe tener y los avances y actualizaciones en el tema.
En el 2019 se otorgo por parte de CONACyT el financiamiento de infraestructura para el HVAC, finalizando esto en febrero de 2020.
Por parte de la MVZ Mariela Contreras y la Lcda. Berenice Díaz (enlace del DIEB con el CICUAL) se obtuvo la certificación a nivel internacional como Investigador en animales de laboratorio.