En 1946, año de la fundación del Hospital de Enfermedades de la Nutrición por el Dr. Salvador Zubirán Anchondo, fue abierto el primer expediente clínico a nombre de Jesús Padilla Raza con el registro número 001. Asimismo, se creó el área de Archivo Clínico, la cual se encargaba de controlar y custodiar las historias clínicas, resultados de laboratorio, resultados de gabinete y notas médicas. En aquel entonces se decidió que el resguardo de la información se realizaría en carpetas (folders) sencillas, y el método de archivo de expedientes sería en orden numérico progresivo.
Martha Isabel González fue designada la primera jefa del Departamento, quien se desempeñó durante el periodo de 1956 a 1962; posteriormente ocupó el cargo el C. Ernesto Benítez Gómez de 1963 a 1970, año en que el C. Rafael Muro Becerril dio inicio a sus funciones. En 1979, el Instituto ya tenía más de 100,000 expedientes de personas beneficiarias.
Posteriormente el C. Hermenegildo Laguna del Castillo ocupó la jefatura de 1980 a 1988, fue en ese entonces cuando se creó el Sistema de Egreso Hospitalario (SEH) diseñado por el Dr. Sergio Ponce de León para el área de Bioestadística Médica, que actualmente forma parte del Departamento como coordinación de codificación de información médica. La información contenida en dicho sistema, es aquella que se encuentra en cada una de las hojas de datos de egreso de las personas beneficiarias hospitalizadas, codificadas de acuerdo a la clasificación estadística internacional de enfermedades y problemas relacionados con la salud (CIE), misma que apoya la investigación que aquí se genera.
Para 1987, se inicia la microfilmación de los expedientes que fueron abiertos entre 1947 a 1966, y que formaban parte del "archivo pasivo".
En 1988, es nombrada jefa del departamento a la Lcda. Ma. Clara Victoria Contreras Chávez, quien ocupó la jefatura hasta 1994, año en que se suspende la microfilmación debido a la remodelación y cambio físico del departamento de Estadística y Archivo Clínico a una nueva área localizada en el sótano del edificio de hospitalización. En el mismo año la Dra. Ma. Eugenia Jiménez Corona es nombrada jefa del Departamento y se desempeña en este puesto de 1994 a junio de 1997, mes en el que ocupó el cargo el Lic. lván R. Rétiz Márquez, quien en julio de 1997 inició un programa de modernización.
En el mismo año se reanuda la microfilmación de expedientes, creando para ello un área en específico, se retoman actividades de Kardex, se inicia el cambio de carpetas de expedientes clínicos, reparación de los mismos, y se programa el cambio de sistema de archivo, de numérico a dígito terminal.
Desde el 1º de abril del 2000, el Lic. Fermín Álvarez Hernández ocupa el cargo de jefe de Departamento. Se han rediseñado procesos de trabajo y elaborado diversos formatos para la evaluación de las diversas áreas y servicios que presta el Departamento, con ello se han mejorado las actividades que realizan todos y cada uno de los que conforman al mismo, además de brindar mejor servicio y eficiente apoyo a las servidoras y servidores públicos que están relacionado en el manejo de las personas beneficiarias que asisten al Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán. En el año 2001, el acervo de expedientes clínicos del Instituto superó los 200,000.
En 2002, con la entrada en vigor de la Ley Federal de Transparencia y Acceso a la Información Pública Gubernamental, el Departamento ha desarrollado procedimientos que garantizan un manejo ético y confidencial de los expedientes clínicos durante todo el proceso archivístico.
En 2005, inicia la operación del Comité del Expediente Clínico, en el cual por estatutos tiene como secretario al titular del departamento de Estadística y Archivo Clínico.
Después de años de evaluación de los sistemas de información para expediente clínico, en el último tercio del año 2009, inician los trabajos para desarrollar el INNSZnet, herramienta que sustituiría al Sistema de Información Médica denominado SIPAM, desarrollado a mediados de la década de los 90's. En agosto de 2012, la Dirección General del Instituto instruye el inicio del desarrollo del sistema de expediente clínico denominado ehCOS, que entra en funciones en 2015.
Sin duda el año 2012, fue un año de cambios importantes para el departamento de Estadística y Archivo Clínico; en enero de este año cambia la ubicación al sótano 2 del entonces nuevo edificio de la Unidad del Paciente Ambulatorio (UPA); instalaciones que desde su edificación consideraron aspectos que favorecen las condiciones para la conservación de uno de los acervos médicos más completos del país. También en ese mismo año entra en vigor la Ley Federal de Archivos; ordenamiento que fortalece a la Ley Federal de Transparencia y Acceso a la Información, dando mayor formalidad a la función archivística del Departamento.
En 2013, se sistematizó la generación de resultados de laboratorio, mediante la innovación de sus procesos.
En 2017, se inicia con la actualización del marco normativo en lo que respecta a la protección de datos personales en posesión de sujetos obligados que atañe a nuestro Instituto en lo general, y a este Departamento, en particular. Para el año 2019, el Instituto ya contaba con más de 300,000 expedientes clínicos.