Otorgar atención médica integral a las personas beneficiarias con padecimientos endocrinológicos y metabólicos, ambulatorias y hospitalizadas, para contribuir con la evolución de la misma a través de la asistencia, docencia e investigación dentro del Instituto, y de la aportación de los conocimientos de proyectos y protocolos a fin de establecer políticas y normas en la especialidad.
Ser un departamento de excelencia, de importancia a nivel nacional e internacional en el ámbito de la endocrinología y metabolismo, que contribuya en la investigación, la formación humana, permitiendo el logro de la atención médica integral, con ética, constancia, cooperación, compromiso y liderazgo a las personas beneficiarias del Instituto.
Para el mejor desempeño del Departamento, se buscará que todas las actividades se realicen de acuerdo a los siguientes valores definidos.