Las unidades de Planeación surgen dentro de la Secretaria de Salud y Asistencia en 1984 como respuesta al acuerdo que establece las normas de modernización administrativa para la organización de las unidades de la propia Secretaria. Este acuerdo fue publicado en el Diario Oficial de la Federación el día 22 de Junio de 1983. Dichas unidades deberían cumplir con diferentes funciones en materia de programación y presupuesto, estadística e informática, evaluación organización y modernización administrativa.
Posteriormente, fue creada la unidad de Planeación en el Instituto Nacional de la Nutrición Salvador Zubirán y se confiere su responsabilidad al Dr. Juan Cruz Krohn; durante este periodo la unidad se estructura de manera incipiente y marca las pautas a seguir para su posterior desarrollo e integración.
Tiempo después, en 1988, su lugar es ocupado por la Dra. Ruth Velázquez Pastrana, quien establece un plan de trabajo que ya contempla el desarrollo funcional de las áreas de programación y presupuestación; estadística e informática; evaluación; organización y modernización administrativa, misma que queda a cargo de profesionales en el área de administración hospitalaria e ingeniería industrial, apoyando su trabajo en la informática.
En 1998, se gesta otra transformación que toma como base la estadística aplicada, la logística y la calidad para el desarrollo de las actividades institucionales y las propias, y de esta manera constituir una unidad de planeación acorde con los requerimientos del nuevo siglo. Para el año de 1999, se registra un cambio en las estructuras de los Institutos Nacionales de Salud, modificándose la unidad por dirección de Planeación. En el 2004, el departamento de Costos dependiente de la subdirección de Recursos Financieros pasó a la dirección de Planeación a efecto de completar el cálculo de los costos con la información disponible en la propia dirección y así obtener datos útiles para la toma de decisiones.
Para 2006 la dirección de Planeación estaba constituida por las coordinaciones de Planeación, Evaluación, Integración Programática, Calidad, Organización y Modernización, el departamento de Costos y la coordinación Editorial. En agosto de este mismo año, la dirección sufre un cambio estructural, creándose el departamento de Organización y Modernización Administrativa- integrado por las coordinaciones de Organización y Modernización y la de Calidad y el departamento de Integración Programática y Evaluación, conformado por tres coordinaciones: Integración Programática, Evaluación y Costos.
En Diciembre de 2012, la Dra. Odet Sarabia González es nombrada directora de Planeación, integrando posteriormente al equipo de trabajo a dos médicos especialistas en calidad para la mejora continua. En octubre de 2014, el Dr. Raúl Rivera Moscoso es nombrado director de Planeación y Mejora de la Calidad, quien funge hasta la fecha como titular
En enero de 2019, la Unidad de Mejora Continua de la Calidad se incorpora al departamento de Organización y Modernización Administrativa, con la finalidad de definir y establecer los criterios que determinen la mejora de los procesos clínicos.