A principios del 2000, la dirección de planeación estaba constituida por las coordinaciones de Planeación, Evaluación, Integración Programática, Calidad, Organización y Modernización y el departamento de Costos. En este mismo año se constituye y aprueba el Sistema de Información Semestral de Actividades (SISA) en donde se concentra la información de todos los Departamentos del Instituto que brindan asistencia, docencia e investigación.
En agosto del año 2006, se realiza un cambio estructural en la dirección de Planeación, creándose el departamento de Organización y Modernización Administrativa y departamento de Integración Programática y Evaluación, conformado por tres coordinaciones: de Integración Programática, de Evaluación y de Costos, nombrando al L. A. Jorge Ramírez Sobrado, como Jefe de Departamento y dejando el cargo en el año 2009. En el año 2009 se nombra a la L. A. Araceli Juan Castañeda. A partir del 1 de octubre del 2015 se nombra a la C.P. Merit Fabiola Morales como jefa de departamento, después, en el año 2023 se nombra a la C.P. María Guadalupe Romero Rodríguez.