Desde el nacimiento del Instituto, la captación de recursos por servicios médicos proporcionados a las personas beneficiarias se realizaba mediante una caja receptora, en la cual se efectuaban y concentraban todas las operaciones de ingresos y egresos del Instituto.
Al incrementarse la demanda de servicios, el Instituto se vio en la necesidad de reforzar a las servidoras y los servidores públicos de apoyo, teniendo como resultado la ampliación de sus instalaciones y la creación de áreas de servicio, como la de recepción de cuotas de servicios médicos, siendo el área administrativa la encargada de los pagos de nóminas y proveedores.
Debido al desarrollo del Instituto, se tuvo la necesidad de reubicar las instalaciones de las áreas médicas y paramédicas y, en consecuencia, se crearon nuevas áreas de cobros: dos cajas auxiliares, (caja No. 1, localizada en el área de consulta externa y caja No. 2, localizada en el área de especialidades), una caja para el servicio de cafetería y una en el área administrativa llamada caja general.
No fue sino hasta el año de 1984, que modifica su denominación de caja general a Departamento de Tesorería, debido al volumen de operaciones, incremento e importancia de las funciones que se desarrollaban.
Como consecuencia del aumento de personas beneficiarias, el Departamento de Tesorería amplía el horario de servicio de la Caja No. 1 que era de lunes a viernes de 7:00 a 14:00 horas, para quedar las 24 horas del día, los 365 días del año, debido a que originalmente los cobros, una vez concluido el horario de servicio, eran efectuados por la sección de cuentas corrientes (actualmente Sección de Cuentas Corrientes para Pacientes Hospitalizados) del Departamento de Contabilidad. Es en este periodo, cuando se desincorpora del Departamento de Tesorería la caja de servicios de la cafetería, la cual se integra al Departamento de Dietología, después denominada Nutrición Hospitalaria y Ambulatoria.
En el año de 1990, y como consecuencia del incremento de las operaciones de cobro de los servicios médicos realizadas de forma manual, se inicia con la sistematización de esta función, únicamente para los servicios de laboratorio (toma de muestras) y de las consultas médicas, que consistía en la impresión anticipada de estos servicios por el Departamento de Computación (actualmente Mantenimiento y Desarrollo de Sistemas). En este mismo año aumenta la contratación de cajeras (os) y surge por primera vez la figura de un supervisor (a) de las funciones de las cajas auxiliares.
En el año de 1992, las funciones de control y registro de los recursos de terceros de los proyectos de investigación, son desincorporadas de las funciones del Departamento de Tesorería para ser integradas a la Unidad de Coordinación Administrativa de investigación CADI que actualmente se denomina Control de Fondos Especiales para la Investigación (CFEI).
En el año de 1994, y con motivo de las remodelaciones del Instituto, las cajas auxiliares fueron aumentando en número, y reubicándose acorde a las nuevas instalaciones del Instituto, por tal motivo las cajas existentes desaparecieron dando lugar a seis cajas: dos ubicadas en el edificio de la Central Toma de Muestras, dos en el edificio de la Consulta Externa, una en el edificio de Hospitalización y, finalmente, una en el área de Urgencias.
En el año de 1995, empieza a funcionar el Sistema de Paciente Ambulatorio (SIPAM), que de acuerdo a su planteamiento original solo estaba contemplado para el cobro de los servicios de laboratorio, por lo que el uso de este sistema inició en la caja ubicada en el edificio de Toma de Muestras, área crítica por el número de las personas beneficiarias a atender en un lapso de aproximadamente tres horas; por lo que el procedimiento de cobro se automatizó notablemente, dando lugar a un control más adecuado de las operaciones. Este sistema se extendió posteriormente al cobro de consultas y de estudios de imagenología, previendo su uso en todo aquel cobro de servicio o estudio registrado en el tabulador de cuotas de recuperación a las personas beneficiarias de servicios médicos ambulatorios.
A finales del año 2000, se incorpora la caja de atención de los servicios de hospitalización (internos y exinternos) al Sistema de Hospitalización, logrando con ello la automatización de los cobros como parte integral del proceso de control de las operaciones de dichos sectores.
El Instituto continúa realizando la remodelación de las instalaciones, por lo que, en abril de 2005, se inaugura la zona de cajas denominada “unicaja” que concentra a las de hospitalización, urgencias y consulta externa; dando lugar a 5 ventanillas de atención de cobro, y sustituyendo a la que estaba ubicada en el área de urgencias y la de planta baja del edificio de la consulta externa. Esta nueva caja tiene como propósito atender los servicios de hospitalización, imagenología, farmacia, radioterapia, estancia corta, medicina nuclear, patología, urología, neurofisiología, inhaloterapia, gastroenterología, cardiología, trasplantes, laboratorio central, así como de otros servicios adyacentes.
En el año de 2007, el personal administrativo asignado en la cafetería del Instituto (actualmente “El Tlacualero”) que realizaba las actividades de cobro, es desincorporado del Departamento de Cafetería y es integrado al Departamento de Tesorería.
En septiembre de 2010, el subdirector de Servicios Paramédicos anuncia que dará inicio la actualización del Sistema de Información Hospitalaria en el Instituto, denominado INNSZNet, que integrará de forma automatizada el Expediente Clínico Electrónico y que, en consecuencia, también se incorporaría a este sistema el cobro de los servicios médicos, por lo que eventualmente los sistemas informáticos de hospitalización y del SIPAM serían remplazados por el nuevo sistema.
En el año de 2011, el personal de cajas asignada en la cafetería (El Tlacualero) es reubicado en las cajas auxiliares, debido a que la administración y el control de los servicios prestados a cargo de la Sección de Cafetería del Instituto es cancelado para dar inicio al arrendamiento del espacio.
En agosto de 2011, inicia operaciones la caja ubicada en la Unidad del Paciente Ambulatorio con 4 ventanillas de cobro. En esta área se concentra la atención de los servicios de la consulta externa, sin embargo, en un inicio empezó trabajando con una ventanilla y gradualmente se fueron incorporando el resto, esto en concordancia a la migración de los servicios médicos al nuevo edificio, y una vez que entró en funcionamiento en un cien por ciento, fue posible cerrar la caja de la consulta externa del antiguo edificio.
En 2012, continúa la modernización de las áreas de cajas, por lo que se sustituyen las impresoras por equipo nuevo de cómputo; así mismo se modifica el servicio de cobro por medio de las “terminales punto de venta” para el pago con tarjeta de crédito y débito a través de una comunicación y/o autorización de las operaciones vía internet, lo que permite notablemente agilizar el cobro de los servicios.
En febrero de 2015, se reubica la “Unicaja” con capacidad de 3 ventanillas de cobro y se instala en la entrada principal del edificio de hospitalización, esto como consecuencia de la remodelación del área de urgencias.
En agosto de 2015, la coordinación de Servicios Subrogados y Seguro Popular que pertenecía directamente a la Subdirección de Recursos Financieros se adhiere al Departamento de Tesorería, esto como resultado de las funciones realizadas por esta Coordinación, relativa a la captación de recursos financieros por la prestación de servicios médicos y de hospitalización.
En mayo de 2017, fueron sustituidos los sistemas informáticos de cobros por servicios médicos ambulatorios INNSZNet y SIPAM, por el sistema informático GRP Net, el cual permitía el cobro únicamente de los servicios ambulatorios a las personas beneficiarias con registro definitivo. A finales de diciembre de 2018, se incluyeron los cobros por servicios de hospitalización; posteriormente el sistema GRP Net fue creciendo en funciones, lo que conllevó a que los sistemas antiguos fueran totalmente sustituidos.
A consecuencia de la extinción del programa de salud del Seguro Popular el 29 de noviembre de 2019, la Coordinación de Servicios Subrogados y Seguro Popular modifica su nombre a Coordinación de Servicios Subrogados.
Con la llegada del acuerdo de gratuidad, que entró en vigor a partir del 1º de diciembre de 2020 para las personas beneficiarias de los servicios médicos sin ningún tipo de seguridad social, se realizaron las modificaciones al sistema informático, a los procedimientos y a los horarios de atención de las áreas de cajas.