El Departamento de Cirugía fue creado en 1947, habiendo ocupado la jefatura el Dr. Clemente Robles Castillo de esa fecha hasta 1952. Entre 1952 y 1963 la jefatura es compartida en forma alterna por los doctores Rafael Muñoz Kapellmann, Manuel Quijano Narezo y José María Zubirán Rodríguez. A partir de 1964, es ocupada por el Dr. Manuel Campuzano Fernández, quien deja el puesto en 1982, para convertirse en director general de la institución. Al quedar el puesto vacante es nombrado para ocuparlo el Dr. Carlos De la Rosa Laris, quien funge como jefe de la División de Cirugía hasta octubre de 1988, y a partir de diciembre del mismo año el Dr. Héctor Orozco Zepeda se convierte en subdirector general de Cirugía, puesto que desempeñó hasta febrero de 2007.
Al iniciarse las actividades del Departamento de Cirugía, a partir de febrero de 1947, bajo la jefatura del Dr. Clemente Robles Castillo, estuvieron como asistentes los doctores Rafael Muñoz Kapellmann y Jorge Salís Manjarrez, formando el equipo quirúrgico que estuvo involucrado en los procedimientos realizados en el entonces Hospital de Enfermedades de la Nutrición.
En los primeros meses de actividades del Departamento, se puso en evidencia la necesidad de contar con ciertas especialidades para la resolución integral de los problemas de las personas beneficiarias y así fueron naciendo e integrando los diferentes servicios y departamentos: ginecología, neumología y cirugía de tórax, oftalmología, ortopedia, proctología, otorrinolaringología, neurocirugía, urología, endoscopia, cirugía vascular, cirugía plástica, cirugía cardiovascular, cirugía experimental, trasplantes, cirugía endócrina, cirugía hepato-pancreato-biliar, audiología, cirugía oncológica y cirugía colo-rectal.
En 1965, el Dr. José Luis Bravo Llamosa organizó y puso en función la unidad de cuidados intensivos y Recuperación Postanestésica (UCER), la cual por limitaciones de espacio no pudo crecer más allá de 8 camas. En 1971, al inaugurarse el nuevo hospital en Tlalpan, la unidad permaneció como tal, aunque con mayor número de camas.
Por lo que respecta a la enseñanza, durante los primeros años, esta era tutelar y los aspirantes a cirujanos eran asistentes voluntarios, de esa manera pasaron por el Departamento los doctores Jorge Salís Manjarrez y Trifon De la Sierra, entre otros. A partir de 1956, se inició el sistema Antecedente de la residencia de cirugía, con el ingreso de un solo elemento por año en 1956 y 1957, y dos o más a partir de 1959. En 1960 el Dr. Alfonso Rivera, en ese entonces jefe de Enseñanza del Hospital, creó lo que se denominó carrera de médico de hospital, y que posteriormente se convertiría en la Residencia para el entrenamiento de posgrado de las diversas especialidades, incluyendo la de cirugía general.
Desde 1959, fecha en que ingresó como cirujano de base, el Dr. José Luis Bravo Llamosa, se preocupó por la organización de la enseñanza en cirugía general, por lo que se iniciaron en forma sistemática sesiones, clases y seminarios, en un programa que tenía una duración de dos años. En 1970, logró que la división de posgrado de la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) reconociera el programa de la Residencia de Cirugía General, desde esa fecha y hasta 1977, fecha en que dejó el Instituto, el Dr. Bravo fungió como profesor titular del curso. A su partida se acordó que de ahí en adelante el profesor titular del curso fuera el jefe del Departamento, recayendo la nominación en el Dr. Manuel Campuzano Fernández, quien ocupó dicho cargo entre 1977 y 1982; en ese mismo lapso eran Profesores Adjuntos los doctores Sergio Cárdenas Silva y Carlos De la Rosa Laris.
A partir de octubre de 1982, el Dr. De la Rosa ocupa la jefatura de la División de Cirugía y también pasa a ser Profesor Titular del curso, estando como Profesores Adjuntos los doctores Sergio Cárdenas Silva y Héctor Orozco Zepeda. En octubre de 1988, el Dr. Carlos De la Rosa renuncia a su puesto y es nombrado un mes después, el Dr. Héctor Orozco Zepeda como subdirector general de Cirugía, lo que actualmente se denomina Dirección de Cirugía, y por consiguiente pasa a ser el Profesor Titular del curso, teniendo como profesores adjuntos en ese entonces, a los doctores Sergio Cárdenas Silva y Lorenzo De la Garza Villaseñor. Posterior a ello, los doctores Miguel Ángel Mercado Díaz, Lorenzo De la Garza Villaseñor y Miguel F. Herrera Hernández. Actualmente el Titular es el Dr. Rubén Cortés González y adjuntos a los doctores Miguel Ángel Mercado Díaz y el Dr. Heriberto Medina Franco. Además, el Dr. De la Garza fue nombrado coordinador de Enseñanza de Cirugía desde los primeros meses de 1989 hasta la fecha.
A partir de 1971, la Residencia de cirugía se aumentó a 3 años de duración y se hizo un 4º año optativo como jefe de Residentes de Cirugía, este esquema prevalece hasta 1994, en que se prolonga la duración de 3 a 4 años y en 1995 vuelve a haber otra modificación de 4 a 5 años la Residencia con un 6ºaño optativo como jefe de residentes. A partir de 1970, se regularizaron períodos de rotación por otros hospitales, además de las que se realizaban dentro de la misma institución, de tal manera que en un principio se pasaba por Cirugía Experimental, por cirugía cardiovascular en el Instituto Nacional de Cardiología, y por Ginecología y Obstetricia en la Clínica de Ginecología y Obstetricia No. 1 del IMSS (Gabriel Mancera), posteriormente por cirugía de tórax en el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias, Cirugía Oncológica en el Instituto Nacional de Cancerología, cirugía pediátrica en el Instituto Nacional de Pediatría y Traumatología en el Hospital de Traumatología de Lomas Verdes del IMSS. Con el paso del tiempo se han ido modificando estas rotaciones, de tal manera que en la actualidad las rotaciones son en traumatología en el Hospital General Ajusco Medio /Dra. Obdulia Rodríguez Rodríguez, en cirugía pediátrica en el Hospital Infantil de México (Dr. Federico Gómez) y en cirugía en la Universidad de Alabama en Birmingham, EUA.
Dentro de los quirófanos del Instituto, lo que en un principio era aprendizaje visual y ejecución de procedimientos, bajo la ayuda y supervisión de los residentes de mayor jerarquía, desde los últimos años de la década de los 60, se inició la enseñanza tutelar, la cual era realizada solo por uno o dos de los cirujanos titulares, y en la actualidad, prácticamente todos participan en esta forma de enseñanza, en donde los residentes, de acuerdo con su nivel y habilidades son guiados y supervisados constantemente, tanto en procedimientos simples como difíciles o complicados.
Al iniciar sus actividades, el Hospital de Enfermedades de la Nutrición, solo contaba con un cuarto para curaciones, pero en poco tiempo se hizo evidente la necesidad de un quirófano, razón por la que pronto se formó la primera sala de operaciones, esta tenía una superficie aproximada de 9 a 12 m2, se le colocó una lámpara al centro del techo, había una mesa quirúrgica mecánica, una mesa de riñón, dos mesas de mayo, un equipo de aspiración y un aparato de anestesia, junto al quirófano existía un cuarto de dimensiones similares en donde se localizaban los lavabos, una autoclave de vapor, ahí también se preparaban los equipos y estaban el escritorio de la secretaria del Servicio. En un patio interior adjunto, se construyó otra habitación que funcionó como vestidor. En la actualidad el Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán, cuenta con 1 quirófano con 7 salas, un cuarto estéril, un cuarto de trabajo, dos cuartos para depósito de ropa y basura, dos bodegas, un séptico, un cuarto de ropería, una sala de recuperación para 5 camas y dos cuartos aislados y un espacio para 5 camillas para la sala de recepción de las personas beneficiarias. Durante los primeros años de funcionamiento del servicio de Cirugía, este se componía de un jefe y dos o tres ayudantes, que posteriormente se transformaron en cirujanos de base, también existían un par de anestesiólogos, así como personal de enfermería y de apoyo de cirugía endocrina, bariátrica y de mínima invasión.
Como ya se señaló la enseñanza era tutelar, de tal manera que aquel que había decidido llegar a ser cirujano, debía empezar por ser aceptado por el jefe del Servicio y dedicarse a estar presente en todas las actividades tanto académicas como asistenciales, y ayudar en todas las operaciones. En esa época las cirugías más "espectaculares", lo eran las derivaciones porto cavas por hipertensión portal hemorrágica.
De acuerdo con los archivos de cirugía, la primera operación realizada en el Hospital de Enfermedades de la Nutrición, se llevó a cabo el 22 de febrero de 1947.
En 1960, se iniciaba un programa de enseñanza en cirugía, en el cual se elaboró un calendario de clases y seminarios, así como sesiones bibliográficas; los residentes rotaban por cuatro servicios quirúrgicos, al frente de cada uno, estaba un cirujano de base. La duración de la residencia de cirugía era de dos años y no tenía reconocimiento universitario.
Para 1994, la Residencia de Cirugía tenía una duración de 3 años, y un cuarto para el jefe de residentes, con el reconocimiento de la División de Posgrado de la Facultad de Medicina de la UNAM. Desde 1995, el Programa de Cirugía es de 5 años (uno más que el programa nacional), y a partir del 2004 durante el 5º año, uno de nuestros residentes es electo como jefe de Residentes de Cirugía. Todos los días se tienen actividades académicas en que participan en forma activa y en ellas son sesiones bibliográficas, de correlación patológico-quirúrgica, seminarios, discusiones clínicas y morbi-mortalidad. En la actualidad existen siete equipos quirúrgicos, cada uno encabezado por dos cirujanos titulares. A cada uno de estos equipos le son asignados dos residentes (uno de alta y otro de baja jerarquía), de tal manera que en cada rotación están en relación con dos cirujanos y al finalizar la residencia han estado en relación con muchas formas quizá similares, pero diferentes de hacer las cosas, además de los especialistas y otros cirujanos en las rotaciones fuera de la institución.
Durante las intervenciones quirúrgicas en donde fungen como ayudantes, son interrogados sobre aspectos de anatomía quirúrgica, fisiología, fisiopatología y terapéutica de el o los problemas de la persona beneficiaria. Como la enseñanza en el quirófano es tutelar, el cirujano de base hace las veces de primer ayudante y va orientando y corrigiendo al residente que está efectuando la operación. El manejo post-operatorio lo realiza el grupo de residentes supervisado por el cirujano titular correspondiente.
En las visitas matutinas a los servicios el cirujano titular y los residentes discuten los casos pendientes de cirugía o probables candidatos a ella, y se señalan estudios por realizar o aquellos necesarios para llegar a un diagnóstico, asimismo se discuten los casos de controversia con los grupos de medicina interna.
En los años 40, las actividades en un día promedio se iniciaban a las 8 a.m. con el paso de la visita a las personas beneficiarias operadas, el resto de la mañana en el quirófano y al medio día se hacían las curaciones, y aquellos que no habían tenido cirugía daban la consulta externa. Por las tardes se realizaban las historias clínicas de los ingresos quirúrgicos. Actualmente los residentes pasan la primera visita a las 6:00 a.m., de 7:00 a 7:45 existe alguna actividad académica y al finalizar esta se inicia la actividad en los quirófanos. Todos los días de 14:30 a 16:00 hrs. se da la consulta de cirugía y a las 16:00 o 17:00 hrs. se pasa la visita vespertina en la cual se revisan los casos de nuevo ingreso y se reevalúan los post-operados.
En los primeros años de actividad del servicio de cirugía, el promedio de operaciones oscilaba entre 120 y 150 cirugías; para 1960 esas cifras aumentaron a 600, en 1990 se efectúan aproximadamente 3,500 intervenciones, de las cuales el mayor porcentaje es de las especialidades mencionadas previamente y el resto son de cirugía general. En el 2018, se realizaron más de 4,500 procedimientos quirúrgicos.
En el año de 2007, el Dr. Miguel Ángel Mercado Díaz es nombrado titular de la dirección de Cirugía, cargo que desempeña a la fecha.
Durante los últimos años se han sumado nuevas especialidades contando hasta este momento con un total de 11, de las cuales se han tenido grandes satisfacciones en las áreas de asistencia, docencia e investigación, tal es el caso de la coordinación de Cirugía Plástica del Dr. Antonio Espinosa de los Monteros Sánchez, donde su grupo de cirujanos plásticos en el 2012, junto con 19 médicos y enfermeras, realizaron el primer trasplante de manos y brazos en América Latina.