Contribuir al mejoramiento de la salud de los mexicanos, y al conocimiento universal sobre enfermedades infecciosas, a través de alcanzar la excelencia en investigación, en la enseñanza de posgrado y en la consultoría nacional e internacional en infectología.
Ser un centro de excelencia líder en Latinoamérica en atención, investigación y enseñanza de postgrado en enfermedades infecciosas, integrado por un grupo de expertos de calidad internacional.
Para el desempeño del departamento, se buscará que todas las actividades se realicen de acuerdo a los siguientes valores y principios.