Desarrollar proyectos de investigación, a fin de contribuir al conocimiento científico de las enfermedades de salud sexual y reproductiva a través de la formación de recursos humanos y de la atención médica integral de las personas beneficiarias del Instituto.
Ser un Departamento líder en investigación y centro de excelencia en la generación del conocimiento, enseñanza y atención médica en la especialidad de salud sexual y reproductiva, con honestidad, responsabilidad, compromiso social, lealtad en las labores como profesionales de la salud.