Después de efectuar la maestría en Epidemiología Hospitalaria en la Universidad de Virginia, en el año de 1982, el Dr. Samuel Ponce de León se incorporó al Departamento de lnfectología del Instituto, iniciando las actividades de vigilancia continua de las infecciones hospitalarias; para estas actividades, el Dr. Ponce de León contaba con una oficina y el auxilio de una pasante de medicina y una enfermera.
El período de vigilancia se prolongó hasta 1985, cuando se iniciaron las actividades de control, con lo que se observó una caída en las tendencias de razón, incidencia y mortalidad asociada a las infecciones hospitalarias.
En el año de 1982, inicia la vigilancia de las infecciones nosocomiales.
En el año de 1985, inicia el programa de control y se organiza el comité de control de infecciones.
En el año de 1987, inicia el programa de salud de los trabajadores. Inicia programa de vacunación contra hepatitis B.
En el año de 1992, inicia funciones la División de Epidemiología Hospitalaria, la Clínica de catéteres y el programa de prevención y detección de tuberculosis.
En el año de 1995, la oficina se muda al 4° Piso del Instituto, a las instalaciones actuales.
En el año de 1996, se organiza el programa de vigilancia de la calidad del agua. Inicia programa de vigilancia de eventos adversos no infecciones. En conjunto con la división de enfermería se organiza el equipo de enfermeras de terapia intravenosa hospitalaria.
En el año de 1997, inicia funciones la unidad de vacunación para adultos.
En el año de 1999, inicia funciones la clínica del viajero y se organiza la subdirección con su estructura actual.
En el año 2005, el Dr. Alejandro Macías se hace cargo de la Subdirección.
En el 2009, la Subdirección de Epidemiología Hospitalaria y Control de la Calidad de la Atención Médica tuvo un papel importante en el control de la epidemia por influenza en México. Posteriormente el subdirector Dr. Alejandro Macías y la Dra. Alethse de la Torre acuden a Argentina a ayudar con el control de la epidemia de influenza.
A partir del 2009, se organiza la campaña de vacunación para pacientes y trabajadores del Instituto, para la prevención de influenza de cada año en los meses de otoño-invierno.
En el 2010, se inicia la vigilancia por paquetes preventivos.
En el año 2011, se realiza estudio de Prevalencia Puntual de Infecciones Nosocomiales en hospitales públicos de diversas instituciones en todo el país. También en el año 2011, se introduce el uso de clorhexidina en toallas para todos los pacientes con catéter venoso central.
En el año 2012, se logra que la Unidad de Cuidados Intensivos llegue a cero bacteriemias asociadas a catéteres venosos centrales.
A finales del mes de febrero del 2014, el Dr. Alejandro Macías deja la Subdirección quedando a cargo como encargado el Dr. Arturo Galindo Fraga.