El Departamento de Gastroenterología es un referente nacional, por su calidad tanto en la atención de problemas médicos complejos como por la calidad docente y de investigación. 
En la actualidad cuenta con 14 médicos, especialistas en diversos aspectos de la gastroenterología, que incluyen enfermedades hepáticas, trasplante de hígado, enfermedades pancreáticas y del intestino, neuro gastroenterología y enfermedad inflamatoria intestinal. Cuenta con una plantilla de nutriología, encargada de investigar y apoyar clínicamente a los pacientes en los aspectos nutricios de cada una de las patologías atendidas por el departamento. También cuenta con un laboratorio de investigación, donde se realizan estudios de investigación básica y traslacional, y en él laboran 4 investigadores. Tanto los médicos como los investigadores cuentan con el reconocimiento nacional e internacional y han sido autores de numerosos artículos originales, y han participado en colaboraciones nacionales e internacionales. 
A continuación, se enlistan los integrantes de cada área, incluyendo su pertenencia y nivel en el Sistema Nacional de Investigadores, líneas de investigación y posibilidad de recibir alumnos.
| Integrante | Área | Nivel SNI | Líneas investigación | Pasante (V) Vinculación (SSA) Secretaría Salud, (U) Programas universitarios de posgrado | 
|---|---|---|---|---|
| Carlos Pérez Monter | Laboratorio | 1 | Microbiota, Metabolismo del amonio en SNC, Epigenética de enfermedad hepática | U | 
| Nalú Navarro Álvarez | Laboratorio | 3 | Sistema inmune en la regeneración hepática. Enfermedad hepática aguda sobre crónica (aclf). Regeneración en cirrosis y sarcopenia. Trasplante de hepatocitos | U | 
| María Elena Larrieta Carrasco | Laboratorio | 1 | Bioquímica de la Enfermedad de hígado. Efectos metabólicos de diferentes moléculas en el tratamiento de la Enfermedad de hígado graso. | U | 
| Miguel Ángel Torres Vega | Laboratorio | No | Vectores, Vacuna Helicobacter pylori, Encefalopatía hepática, terapia génica. Proyecto You Tuve MiTOVE | V, U | 
| Ricardo Macías Rodríguez | Clínica | 2 | Hígado Graso y Cirrosis hepática Colaboraciones Unión Europea | V, SSA, U | 
| Ignacio García Juárez | Clínica | 1 | Trasplante hepático, Cirrosis | V, SSA, U | 
| Graciela Elia Castro Narro | Clínica | 1 | Esteatosis hepática, Cirrosis | V, SSA | 
| Enrique Coss Adame | Clínica | 1 | Trastornos motilidad gastrointestinal | V, SSA,U | 
| Enrique Coss Adame | Clínica | 1 | Trastornos motilidad gastrointestinal | V, SSA,U | 
| Jesús Kazuo Yamamoto Furusho | Clínica | 3 | Enfermedad inflamatoria intestinal | V, SSA,U | 
| Mario César Peláez Luna | Clínica | 3 | Enfermedad inflamatoria intestinal | V, SSA,U | 
| David Kershenobich Stalnikowitz | Clínica | 3 | Reversibilidad de la fibrosis hepática. Esteatosis hepática y fibrosis | V, SSA,U | 
| Edgardo Eric López Méndez | Clínica | No | Enfermedades hepáticas, hipertensión portal | V | 
| José González Regueiro | Clínica | No | Hepatopatía autoinmune, Trasplante hepático | V | 
| Nayelli Cointa Flores García | Clínica | No | Trasplante hepático, Cirrosis | V | 
| Luis Federico Uscanga Domínguez | Clínica | No | Enfermedades pancreáticas y mala absorción intestinal | V | 
| Jorge Hernández Calleros | Clínica | No | Enfermedades pancreáticas y mala absorción intestinal | V | 
| Mariana Quintanar | Clínica | No | Enfermedades pancreáticas | V | 
| Sophia E Martínez Vázquez | Nutrición Clínica | No | Trastornos motilidad, enfermedad inflamatoria intestinal, intolerancias alimenticias, metaanálisis, | U | 
| Astrid Ruiz Margain | Nutrición Clínica | No | Trasplante hepático y Cirrosis hepática | U |