Contribuir al conocimiento científico en el campo de la gastroenterología a través del desarrollo de proyectos de investigación; formar recursos humanos y proporcionar atención médica de alta especialidad a personas con problemas del aparato digestivo.
Ser un departamento líder, reconocido por la generación de conocimiento científico y la formación de especialistas capaces de reproducir un modelo de atención integral acorde a la filosofía institucional en otros entornos médicos, tanto en México como en otros países.