A partir de 1946, en el Instituto se creó una unidad administrativa denominada “mesa de personal”, a cargo de la C. María del Carmen Llano Zorrilla, teniendo como función principal la elaboración de la nómina y el control de asistencia.
Desde 1948, la C. María Luisa Palomas Montoya se desempeñó como Encargada de la mesa de personal y, bajo su encomienda, se creó el departamento de Personal en el año de 1950.
En 1985, la Lcda. María Ofelia Pasquel Alcalá fue designada jefa de departamento de Personal y al término de su encargo, en 1986, el C. José Luis Fuziwara Mandujano fue nombrado jefe interino del Departamento.
En 1987, se designó al Lic. Daniel Fuentes Farías como jefe de departamento de Personal. En el año 1991, la Dra. Ruth Velázquez Pastrana, quien se desempeñaba como jefa de la Unidad de Planeación, recibió también el nombramiento de jefa Interina de este Departamento, y al finalizar su encargo en 1992, el Dr. José Antonio Melo Manzanilla fue nombrado jefe de Departamento de Personal.
Derivado del incremento de los servicios prestados por el Instituto, se autorizó la reestructuración del organigrama del mismo, por lo que a partir del año 1994, el departamento de Personal cambió su nombre a división de Recursos Humanos, con la creación de tres departamentos y una sección:
La creación de estos Departamentos permitió obtener mejores resultados dentro de la división de Recursos Humanos y, con ello, prestar un mejor servicio a las servidoras y los servidores públicos.
En el año de 1999, por instrucciones de la Secretaria de Hacienda y Crédito Público, cambió la estructura orgánica del Instituto y, con ello, la división de Recursos Humanos pasó a denominarse subdirección de Recursos Humanos, continuando con los mimos departamentos y la sección de informática.
En el año 2005, ingresó la C.P. Yolanda Cano Castillo para ocupar el cargo de Subdirectora de Recursos Humanos hasta el año 2010 cuando el Dr. José Antonio Melo Manzanilla fue nuevamente designado como subdirector de Recursos Humanos.
En 2017, el L.C. Ricardo García Lacheño comenzó a fungir como encargado de la Subdirección. En ese año, se implementó un nuevo sistema electrónico para el control de la nómina y el registro de asistencia de personal, por lo que los procedimientos efectuados al interior de esta unidad administrativa se vieron modificados.
Desde el 16 de abril de 2018, hasta la fecha, el L.C. Ricardo García Lancheño ocupa el puesto de subdirector de Recursos Humanos.
Actualmente, esta unidad administrativa está integrada por tres Departamentos: