• Integración del Programa de Modernización Institucional de Mediano Plazo del Instituto como resultado de un Taller de Planeación Estratégica. Inicio del control de vacunación para los trabajadores con una cartilla de vacunación.
• Celebraciones con motivo del 50 ANIVERSARIO entre estas:
• Develación de la escultura el árbol de la Vida de Sebastián.
• Estreno mundial de la Segunda Sinfonía de Samuel Zyman, La Recuperación del Orgullo.
• Establecimiento del Programa de Vacunación para Adultos y de Detección de Cáncer cérvico uterino, vulva y mama.
• Creación del Programa de Salud Reproductiva.
• El Instituto participa voluntariamente en una auditoría ambiental.
• Creación del manual de autoevaluación de la situación ambiental en instituciones de salud que posteriormente es aplicado en todos los Institutos Nacionales de Salud.
• Creación del Programa Vida y Trasplante para brindar apoyo a pacientes con trasplante renal.
• El instituto se ratifica como Centro Coordinador del Registro Nacional de Trasplantes.
• Primera evaluación de calidad de la atención médica.
• Instalación de la Oficina de Relaciones Públicas.
• Construcción de los almacenes de residuos CRETIB.
• Como parte de los proyectos de Investigación, se desarrolló trabajo en diversas comunidades del Estado de Chiapas. Además de las acciones nutricionales, se apoya a través de personal médico, promotores y parteras (adiestrados en el Centro de Capacitación de Oaxaca), atención Odontológica, Salud Reproductiva y Control de Enfermedades Crónicas.
• Instalación de la planta de tratamiento de aguas grises.
• Nueva Estructura Orgánica, la cual únicamente se modifica en su denominación, al determinarse la estandarización de las Direcciones de Área (7) y Subdirecciones de Área (11).
• El 26 de mayo, se publica en el Diario Oficial de la Federación la Ley de los Institutos Nacionales de Salud, donde se registra el nuevo nombre del Instituto, quedando como Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán. Se considera que refleja más adecuadamente las actividades de atención médica, investigación y enseñanza, en el ámbito de la medicina interna, la cirugía y la nutrición.
• Inicia la construcción del edificio de la Unidad del Paciente Ambulatorio.
• Certificación del INCMNSZ por parte del Programa Nacional de Hospitales.
• Certificación de Calidad ISO 9002 de los laboratorios de toma de muestras y del laboratorio central.
• El Dr. Fernando Gabilondo Navarro es nombrado Director General.
• El Dr. Guillermo Ruiz Palacios ganó el Premio al Mejor Artículo Científico Original Publicado en 2003
• El centro de Enseñanzas y Destrezas Médicas inició sus actividades, resultado de donativos de empresas farmacéuticas y universidades.
• Programa de certificación ISO 9001:2000 que culminará con la Certificación de ISO 9001-2000.
• Las dos vacunas registradas para rotavirus que existen fueron desarrolladas paralelamente, bajo dos conceptos diferentes: La vacuna de virus vivos atenuados, desarrollada bajo el método clásico en el Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán, resultado de una investigación guiada por el doctor Guillermo Ruiz-Palacios y Santos; mientras que la otra se desarrolló en Estados Unidos y fue producida mediante métodos de ingeniería genética, basadas en las secuencias de aminoácidos en las cadenas de ácido desoxirribonucleico (ADN) que contienen la información genética con la cual el organismo patógeno produce la enfermedad.
•El Instituto es la primer institución médica del país en realizar rutinariamente el cateterismo por vía radial.
• Programa de certificación de laboratorios clínicos. Se certificaron los laboratorios de Hemato-Oncología, Genética y Gastroenterología.
• Inauguración del 1er. Centro de Simuladores para el Desarrollo de Destrezas Médicas.
• Develación de la placa de la Unidad de Consulta Externa con el nombre del Dr. Donato Alarcón Segovia.
• El Dr. Rogelio Hernández Pando fue el ganador del Premio al mejor Artículo Científico Original Publicado en la Revista del Grupo IV Eur J Immunol por el trabajo intitulado “Pulmonary tuberculosis in BALB/c mice with non-functional IL-4 genes: changes in the inflammatoty effects of TNF-α and in the regulation of fibrosis”.
• El 16 de diciembre de 2005 se recibió el certificado ISO 9901:200 por parte de EQA Certificación México para el Departamento de Ingeniería Biomédica.
• Se publicó el primer tomo del libro "Recomendación de Ingestión Diaria de Nutrimentos para la Población Mexicana" que elaboraron cerca de 50 autores bajo el liderazgo del Dr. Héctor Bourges Rodríguez, Director de Nutrición del Instituto.
•Creación del primer grupo de ayuda para la mano artrítica en el país.